安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。

學校是國家中醫臨床研究基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地，國家博士授權單位、碩士研究生推薦免試單位。有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四個校區，全日制在校生18194人（其中博士、碩士2673人），有17個二級院部（含3所直屬附屬醫院），7所非直屬附屬醫院。